こんにちは。
ボーンとかIKとか、そのへんの用語を整理してみます。

ボーン：骨
スキン：ボーンに対して、皮膚アンド肉
IK：インバースキネマティクスの略、訳して逆運動学。末端（子）の動きを決めると、親側も勝手に動くアレ

ボーンは名前の通り、骨組みです。3Dのオブジェクトの中に仕込んで、3Dオブジェクトのどの部分がどこのボーンに影響されるかを設定して使います。目に見えるオブジェクトではなく、計算のための概念をわかりやすく可視化したもので、大抵のソフトでは仕込む時に自動でオブジェクトのどこが動くか大体決めてくれます（とんでもない所が動くことも多いですが）。



もちろん、テンプレートのボーン以外にも自分で1からボーンを作れます。


ボーンを仕込んで3Dオブジェクトを動かす技法をスケルタルアニメーション（ボーンアニメーション、スキンドメッシュアニメーション、スキンメッシュアニメーション）と言うらしいです。
厳密にスキンメッシュってなんでしょうか。本によるとこうです。

スキンメッシュ：メッシュを構成する頂点そのものを動かすメッシュです。
メッシュ：複数のプリミティブから構成されるジオメトリ

簡単に言うと、メッシュ＝ポリゴンの集合体、いわゆる3Dオブジェクトで、ボーン（骨）に対して皮膚のようにメッシュで覆うことからスキンメッシュという言い方をするようです。
スキン設定という用語も、ボーンに対して皮膚の設定ということでわかりやすいかと思います。
ついでに、ボーンを入れずにそのまんまなのがスタティックメッシュ、ボーンは使わずにアニメーションするのが階層メッシュアニメーションというらしいです。

IK：MMDで見るのが一番よくわかります。


 
黄色で表示されているのが、IK影響下ボーンで、黄色のボーンの端っこについている四角いマークがIKボーンになります。四角いマークのところを持って動かすと黄色いボーンのところは勝手に変形してくれます。
MMDデフォルトの初音ミクには、ネクタイ・髪（左右）・足（左右）・つま先（左右）にIkが設定されています。




IK影響下ボーンが、IKに従って勝手に変形してくれました。
この変形具合（重かったり軽かったり）は、PMD/Pmxエディタなどでカスタムできるそうです。
画面左下あたりに、IKのON/OFＦができる箇所がありますので、いらないときはOFFにすることもできます。
ちなみにIKをOFFにすると、先っちょを動かしても先っちょのへんしか動きません。足にいたってはIKをOFFにするととてもとても不便です（昔のスキンメッシュアニメーションで、足がIKでなくてとても動かし難いのがありました）。

足首のIKは普通のボーンと重なっていて選択しづらいので、画面左側フレーム操作[IK]欄から選ぶと楽です。
重なっている部分は、複数回クリックで切り替えできるので、右下の移動アイコンがグレーの場合はもう一回クリックでも選択できます。
このあたりはエディタの参考書見てください……